子どものアトリエは、「『美術館は大人が利用するもの』という常識を越え、子どもたちが美術に接し、体験的に学べる施設を提供し、子どもたちが自分の力で豊かに素直に成長していく手助けを行ことを目的として設置される。」また学校教育との関連において、「学校ではでき得ない、また画一化されない形での体験を通して、生活全体に係わる関心を引きだすような活動が望ましい。」という美術館設計条件研究会の報告書（1983年（昭和58年）4月9日）を受け設置され運営しています。
利用対象については、4歳から12歳までの幼児および児童を原則としていますが、現在、4歳以下の未就園児や中学校の養護学校にまでその利用が広がり、当初の計画とは若干違った展開をみせています。
日本では、明治初頭より、子どもの美術教育は学校で指導するという長い歴史がつづいていますが、その目的は、義務教育全体の目的である「自立に必要な基礎的な能力の育成」にあります。子どものアトリエが行う描きつくり鑑賞する活動も、「芸術家の育成」ではなく、「自分の目で見て、自分の手で触れ、自分でする」という自意識の獲得に目的があり、それを楽しい活動として提供するのが私たちの仕事です。ゆえに子どものアトリエでは、美術的な教養として、子どもたちにいろいろな作品の作り方や作家を知ることを性急に求めることはしていません。むしろ、子どもたちの意志的な問題として、見たくなるような、知りたくなるような、コンデションづくりが大切であると考えています。 生涯を通した中で美術館との関わりを考えると、子どもたちはその入り口に立ったばかりです。子どものアトリエはその入り口の案内役として、子どもたちにとって美術館が楽しくかつ親しみのある場になるように、事業運営を心掛けなければならないと考えています。

　親子のフリーゾーン

「ねんど」「えのぐ」「かみ」などの基本的な材料を使い、親子で楽しめる造形広場です。日曜日の朝10時から11時半までのプログラムで事前の予約はいりません。12歳までのお子さんとその保護者の方が対象で団体の利用はできません。（ 開催のない日曜日もあるので事前の確認が必要です。）

「親子のフリーゾーン」の詳しい日程は こちらです」

　個人の造形講座

個人を対象とした造形プログラムで、参加対象を［ 幼児］［小学１・２・３年生］［小学４・５・６年生］に分け、年間を通じてさまざまなプログラムを開催しています。いろいろな素材や方法を紹介し、それぞれの子どもたちが楽しみながら身につけられるよう指導します。
講座の種類は各月ごとに行われる「わくわく日曜造形講座」２ヶ月にわたって行われる「長期日曜造形講座」夏休みに行われる「夏休み造形講座」、年に６回祝日に行われる「一日（ 祝日）造形講座」があります。（事前申し込み制、有料講座）

各講座の詳しい日程はこちらです。

　「わくわく日曜造形講座」、「わくわく祝日（１日）造形講座」、「長期日曜造形講座」、「夏休み造形講座」

　学校のためのプログラム

子どものアトリエが横浜市内の小学校、幼稚園・保育園、特別支援・養護学校などと連携をして行うプログラムです。年間90日、子どものアトリエの施設の中で造形活動や鑑賞を中心としたプログラムを開催しています。（ 事前申し込み制）
「学校のための詳しい内容はこちらです。

　教師のためのワークショップ

子どものアトリエでは、教師やそれを目指している人たちを対象に「子どもの育ちを造形活動を通して考える」ことを目的とした研修を行っています。2日連続の「春期講座」「夏期講座」があります。

「教師のためのワークショップ」の詳しい内容はこちらです。

　子どものための展覧会

子どもたちの造形に対する興味や“ やってみたくなる気持ち” を育むために、年間を通じてさまざまな素材や表現を紹介するミニ展覧会を行っています。場所は子どものアトリエ内のミニギャラリーです。「親子のフリーゾーン」や「学校のためのプログラム」で来館の際にご覧いただけます。
（ 一般公開はしていません。)
現在開催中の「子どものための展覧会」の内容はこちらです。

　手でみるギャラリー

子どもは触ることがいちばん確かな情報となります。横浜美術館では「触ってもいい」彫刻作品6体を子どものアトリエ入口横の回廊部分に設置しています。
「手でみるギャラリー」はこちらです。